色谱质谱分析室拥有TRACE GC Ultra型气相色谱仪、HPLC-10AVP高效液相色谱仪、全自动快速制备液相色谱仪、Trace GC DSQⅡ型气相色谱—质谱联用分析仪、 Agilent 1100 LC-MSD SL液相色谱—质谱联用仪、离子色谱—质谱联用仪、超高效液相色谱—四极杆—飞行时间串联高分辨率质谱联用仪和凝胶渗透色谱—激光光散射联用仪等仪器。可对复杂的混合体系进行快速高效的分离与定量，并对所有成分进行精确质量数分析。主要用于有机物定性定量分析，包括未知物、大气污染物、水、土壤、食品、农药残留、香精香料、添加剂的分析等；并可进行环境样品中各种阴、阳离子的定性定量分析；还可进行高聚物（包括水性聚合物）的分子量及其分布测定、大分子半径、支化度以及高分子溶液的dn/dc值测定等。广泛应用于石油、化工、制药、食品、日化、轻工等领域产品的质量控制与检测。